農糧署南區分署組織架構：由分署長、副分署長、秘書及業務單位、行政單位、派出單位所組成；業務單位又分成園藝產業科、農業資源科、雜糧特作科、稻作產業科、綜合企劃科；行政單位又分成人事室、主計室、政風室、秘書室，秘書室；派出單位分成嘉義辦事處、高雄辦事處、屏東辦事處。另有澎湖辦公室負責當地農糧業務。