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農糧署南區分署組織架構:由分署長、副分署長、秘書及業務單位、行政單位、派出單位所組成;業務單位又分成作物生產課、農業資材課、運銷加工課、糧食產業課、糧食儲運課;行政單位又分成人事室、主計室、政風室、秘書室,秘書室下又有澎湖辦公室;派出單位分成嘉義辦事處、高雄辦事處、屏東辦事處。