農糧署南區分署組織架構：由分署長、副分署長、秘書及業務單位、行政單位、派出單位所組成；業務單位又分成作物生產課、農業資材課、運銷加工課、糧食產業課、糧食儲運課；行政單位又分成人事室、主計室、政風室、秘書室，秘書室下又有澎湖辦公室；派出單位分成嘉義辦事處、高雄辦事處、屏東辦事處。