綜合企劃科掌理事項如下：
一、果菜、花卉批發市場之交易制度、資料查報之輔導及執行。
二、跨產業農產品多元行銷業務之輔導及執行。
三、農糧作物天然災害查報與救助之協助及督導。
四、跨產業冷鏈物流之輔導及執行。
五、農產品初級加工場之輔導及執行。
六、農糧統計調查之輔導與執行；農情資訊之蒐集、整理及提供；農糧類公務統計報表之擬訂、編製及提供。
七、農場登記業務之執行。
八、聘僱農業外籍移工資格認定
九、農糧產業產銷履歷推廣、環境補貼及安全監控
十、農產業作物保險推廣及保險費補助審查
十一、青年農民輔導計畫
十二、農民直銷站、社區小鋪、農會超市、希望廣場等輔導
十三、其他有關綜合企劃事項。