雜糧特作科掌理事項如下：
一、耕作制度調整策略、計畫與方案之輔導及執行。
二、擴大農業經營規模方案之輔導及執行。
三、農糧產業涉及地層下陷防治、水資源合理利用及穩定供水策略等配合事項之執行。
四、雜糧、特用作物產業發展方案之輔導及執行。
五、雜糧、特用作物集團產銷企業化經營之輔導及執行。
六、雜糧、特用作物生產改進、採後處理、加工加值、行銷推廣與產銷穩定措施之輔導及執行。
七、其他有關雜糧特作事項。